甲状腺炎会引起甲状腺功能减退。因此，一旦患有甲状腺炎应注意及时治疗，避免引发其它并发症，造成病情加重。
甲状腺炎主要分为亚急性甲状腺炎、自身免疫性甲状腺炎，分类不同治疗方法也不同。针对亚急性甲状腺炎，该疾病属于自限性疾病，预后良好，对于轻型患者仅需要服用非甾类药物抗炎即可。针对自身免疫性甲状腺炎，目前常见的是桥本甲状腺炎，目前尚无针对病因的有效治疗措施。
为抑制甲状腺自身免疫破坏进展，现多采用限制碘摄入。如果患者仅有甲状腺肿而无甲状腺功能异常者，可以不予治疗，密切关注病情变化。