小儿急性肠胃炎的严重程度不同，用药也不一样。
如果小儿急性肠胃炎为单纯的病毒感染所引起，并且症状不太严重，一般不需要使用药物进行治疗。应当注意小儿体液的补充，多让小孩休息，可能会逐渐地自愈。如果急性肠胃炎引起的症状比较严重，比如呕吐、腹泻等，可以通过口服止吐、止泻的药物予以调理。
如果小儿急性胃肠炎为细菌感染所导致，则需要在医生的指导下口服或者输注抗生素类药物进行治疗，比如头孢菌素类的药物。一般经过合理的治疗，大多数的急性肠胃炎都可治愈，不会对小儿的身体造成太大影响。