药物也可以治疗肛周脓肿，但药物治疗肛周脓肿仅能控制肛周脓肿的症状，并不能完全治愈肛周脓肿。
由于肛周脓肿是感染性的疾病，所以肛周脓肿的药物首选抗生素。大多肛周脓肿为混合性感染，所以需要选用广谱抗生素，必要时需要联合用药。部分肛周脓肿经药物治疗以后，周围组织红肿出现消退，局部的肿痛症状也会消失。
但最后原病变处会残留硬结，在其以后的生活中还是有可能会出现反复的感染，并且伴有肿痛症状。最终都需要行手术治疗，才能完全治愈。