脑疝的治疗方式除了脱水、利尿、降低颅内压力以外，手术治疗为首选方式。不同原因引起的脑疝，如颅脑外伤导致的颅内出血、脑肿瘤、大面积脑梗塞、脑积水、颅内血管性疾病引起的脑疝，其手术治疗的方式有所不同。
对于因颅脑外伤、颅内出血引起的脑疝，则需要行急诊的开颅去骨瓣伴颅内血肿清除；若脑肿瘤逐渐增大引起的慢性脑疝者，需行急诊手术切除清除颅内肿瘤，根据术中颅内压的情况决定是否恢复骨瓣；脑积水引起的脑疝，需要行急性期的脑室钻孔外引流，以降低颅内的压力。后期可以考虑采取脑室腹腔分流术，或腰大池腹腔分流手术。
对于颅内血管病引起的脑疝者，如颅内动脉瘤、动静脉畸形，可以考虑采取传统的夹闭动脉瘤或者是切除动静脉畸形，也可以行血管内的介入栓塞治疗。对于大面积脑梗塞引起的脑疝，窗口期内可以采取静脉溶栓以及取栓治疗，窗口期后行去除骨瓣伴脑膜减胀手术治疗。