如果是输液引起的集聚肠杆菌感染，首先要做的就是去除感染源。其次，就是要尽早的使用对集聚肠杆菌有效的抗菌药物。
因为不同的菌株对各种不同的抗菌药物敏感性上差异很大，所以选用抗菌药物，应该尽量的根据药物的敏感性试验结果来决定。
通常来说，氨基糖苷类、β-内酰胺类和氟喹诺酮类的药物，对集聚肠杆菌具有比较好的活性抗菌。具体的话，对于一些轻中度感染，还可以考虑使用环丙沙星、头孢他啶、哌拉西林、阿米卡星等药物，而对于重度感染甚至是引发败血症的，就应当选择亚胺培南、头孢哌酮、β-内酰胺类的药物。