桂附地黄丸不同于金贵肾气丸的药方组成。桂附地黄丸用的是熟地黄，金匮肾气丸用的则是干地黄。同时桂附地黄丸用的是肉桂，而金贵肾气丸用的是桂枝。桂附地黄丸补益肾阳的功效要强一些；金匮肾气丸相对来说补肾的功效要平一些，而行气利水的效果要强一些。
桂附地黄丸主要适用于肾阳不足、寒向表现明显的；金贵肾气丸则适用于肾气不足、气化不利，以小便不利、乏力水肿为主要临床表现，而寒像表现相对是不明显的。
临床上如果说肾阳虚更加明显，寒像明显的、我们就选用桂附地黄丸；而肾气虚更加明显，以水肿为主要临床表现的，则建议用金贵肾气丸。