轻微的脑脓肿是以药物治疗，主要是使用针对于致病菌敏感的可通过血脑屏障的抗生素进行治疗，比如头孢菌素类或喹诺酮类的抗生素。
由于脑脓肿会导致颅内压增高，还应当使用脱水药物进行降颅压处理，比如甘露醇、甘油果糖等。使用抗生素药物治疗时，还可使用肾上腺皮质激素，能够使毛细血管的通透性降低，从而减轻脓肿周围的水肿。
在治疗的过程当中，也要注意患者体内水分的补充以及水电解质的平衡。如果治疗周期较长，患者出现了贫血，在必要时还应进行少量多次的输血。