肛门异位并发症最主要就是会并发肛门周围感染。因为肛门异位使肛门开口与阴囊之间的距离缩短，排泄物中的病原菌与阴囊接触概率增加，因此容易引起阴囊感染及异位肛门附近器官的感染。
肛门异位是先天性直肠肛门畸形的一种，主要是由于先天性的发育不良所导致，具体的病因目前为止尚未明确。肛门异位主要是指肛门不在正常位置，位于骶部和阴囊附近，但肛柱、肛窦俱全。女性发病率多于男性，其中肛门前异位占大多数。可伴或者不伴狭窄或者失禁。