要想预防脑脓肿所引起的惊厥，主要是控制感染。因为在感染加重以后会对大脑局部的组织造成损伤，使大脑出现缺血、缺氧从而引起惊厥。此外，在感染加重以后还有可能会加重引起高热，长时间存在高热也会引起惊厥。
因此，在出现脑脓肿后应及时地使用抗感染药物予以治疗，比如头孢菌素类或喹诺酮类的抗生素，避免感染进一步加重。
如果脑脓肿是真菌感染所引起，还应当使用抗真菌药物予以控制。如果脓肿较大引起了严重的症状，在必要时还可考虑进行手术治疗。