滴虫病的治疗，全身用药。初次治疗可选用甲硝唑单次口服，或替硝唑单次口服，或甲硝唑每日2次，连服7日，口服药物的治愈率为90%以上。
服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退、恶心、呕吐等。甲硝唑用药期间及停药24小时之内，替硝唑用药期间及停下72小时之内禁止饮酒，哺乳期用药后不宜哺乳。
随访及治疗失败的处理，滴虫阴道炎在感染率高，需要对性活跃女性在最初感染3个月后，重新进行筛查。对甲硝唑单次口服治疗失败，排除再次感染可以增加甲硝唑疗程和剂量，可重复应用甲硝唑，每日两次连服7日或替硝唑单次口服，若治疗再次失败，可以口服甲硝唑每日一次，连服5日或替硝唑每日一次连服5日。