流感咳嗽反复是由于流感病毒侵入呼吸道的纤毛柱状上皮细胞并且开始进行复制，然后借神经氨酸酶的作用从细胞中释放出来，还会去入侵其它柱状上皮细胞，引起变性、坏死及脱落。
而且，由于每个人个体免疫力的不同及感染的流感病毒毒力不同，感染流感后的病程时间也是不同的。对于毒力强、自身免疫力低的人群，就会出现反复咳嗽的表现。
另外，由于治疗的不规范、不及时，也可以造成反复咳嗽的发生，还可以导致流感型肺炎以及继发细菌感染等可能，对于年老体弱者更易发病且症状多较重。