中枢神经系统白血病进行移植的是比较少的。
因为中枢神经系统白血病往往发生于急性白血病治疗的过程当中，由于很多化疗药物很难通过血脑屏障，使得中枢神经系统有可能成为白血病细胞藏匿的场所，也有可能会成为复发的根源。病人如果是发生中枢神经系统白血病的时候，往往病情是比较重的，体质比较差、化疗耐受性比较差，很难通过化疗药物达到完全缓解，使得自体造血干细胞移植的可能性比较小。
进行异基因造血干细胞移植配型比较困难、花费比较高、移植后并发症也比较多。所以发生中枢神经系统白血病的时候，通常是采用鞘内注射的方式进行治疗，同时加强对症支持治疗。