精囊结石的典型症状之一就是射精疼痛，主要是由于射精管被结石堵塞，阻碍了精液的流出，在进行射精时就会出现疼痛，并且还伴有会阴部不适。
结石还有可能会对阴囊局部造成损伤，导致局部出血，容易引起血精。如果用手触摸前列腺的上缘，会感觉到有光滑的硬结，用手按压时会出现明显的压痛感。
此外，精囊结石还可能会引起膀胱刺激症，比如排尿疼痛、尿频、尿急等。如果治疗不及时，还可能会引起肛门疼痛、排尿不畅、性功能紊乱等，甚至会引起男性不育。