蒙脱石散长期吃的主要危害为可引起便秘情况。
因为这种由蒙脱石为主要成分制作的药物，其主要的副作用为便秘。而对有些易过敏的患者，服用蒙脱石散也有诱发过敏的可能性，不过这种情况比较少见。
蒙脱石散服用后可以覆盖在胃肠道黏膜上，对其有保护和修复作用，能够增强肠道黏膜的屏障作用，减少其被一些致病菌和毒素及肠道的垃圾所造成的损伤，并且对病毒及毒素可抑制、吸附、固定，使其失去对肠道的损害和致病性。
如果长期不当服用本药物，因蒙脱石的吸附和固定等特性，也就容易引起便秘的副作用。