核酸检测对人体造成的危害很轻微，如采口咽拭子时，刺激人体出现恶心、呕吐，造成身体不适，咽部的黏膜有划伤。
有的医院为患者采鼻咽拭子，这样取样的阳性率会更高于口咽拭子。在鼻咽拭子采样时会刺激患者的鼻部黏膜，而出现鼻黏膜损伤、鼻出血。对于一部分鼻中隔偏曲、凝血机制障碍、鼻腔狭窄、鼻部有疾病症状比较严重的患者，建议告知护士不要采取鼻咽拭子，可以采口咽拭子。
如果患者呼吸道症状明显，咳嗽、咳痰，能够排出较多的痰，也可以取痰作为核酸检测标本，痰检的阳性率很高。