化脓性鼻窦炎，如果经过了有效的治疗，通常是不会有严重的后遗症。
但如果急性化脓性鼻窦炎没有得到有效的治疗，有可能会逐渐转变为慢性化脓性鼻窦炎，导致病情长期存在或者反复发作，而鼻窦腔内长时间的炎症刺激，又有可能会进一步造成鼻甲的肥大、鼻息肉等情况出现。
因此，在出现急性化脓性鼻窦炎的疾病之后，应当尽快通过口服或者静脉输注头孢或青霉素等抗生素类药物的方式，来控制鼻窦腔内的炎症感染；同时对鼻窦腔内的脓液进行冲洗或者引流的处理。