避免肛周脓肿后期形成肛瘘，肛周脓肿手术时要找到肛窦处的内口，切开并处理内口。如果肛周脓肿自行破溃后，脓液溢出，也要尽量行根治手术，以防止后期形成肛瘘。
肛周脓肿来源于肛管内肛窦感染，肛周脓肿和肛瘘是同一个疾病的两个不同发展阶段。早期急性期是肛周脓肿，后期慢性期形成肛瘘。肛窦感染处形成肛瘘内口，后期脓腔纤维化形成瘘管，脓肿破溃或切开处形成外口，只有手术将内口切除，才能避免后期形成肛瘘。
平时生活中要预防肛周脓肿的发生，才能避免肛瘘，不要食用过多辛辣食物，要戒烟、限酒，避免暴饮暴食，预防和治疗便秘和腹泻。糖尿病患者要控制好血糖，以免血糖升高增加感染的机会。
肛门局部抵抗力减弱，发生肛周脓肿的机会也会增多，加强体育锻炼，增强机体抗病能力。如果发现肛门不适要及时就诊，平时要保持肛周皮肤清洁，养成便后清洗的习惯。