泮托拉唑是在奥美拉唑的基本结构基础上，经过化学改购修饰，更新型的质子泵抑制剂制酸药物，泮托拉唑在吡啶环4位上去甲基，与其质子泵结合具有更高的选择性，在分子水平上比奥美拉唑作用更准确，对于抑制胃酸效果更好，作用更强，且持续时间更久。
泮托拉唑在弱酸条件下，比奥美拉唑更为稳定，其特点是在代谢过程中不易与细胞色素p450作用而氧化失效，生物利用度较之奥美拉唑提高7倍。
泮托拉唑在强酸作用下会很快被激活而发挥作用，因此，比起奥美拉唑与其他药物发生相互作用的几率更小，安全性更高。
对于清除幽门螺旋杆菌的治疗，新型的PPI制剂，可以提高幽门螺旋杆菌的根除成功率。