临床上对于松果体区瘤是可以行肿瘤全切除术的。
但是由于这种肿瘤多发生于中脑以上或者下丘脑等部位，所以手术的风险和难度均很大，完全切除肿瘤较难做到。而且手术容易引起颅内出血、消化道出血、垂体功能低下、尿崩症、中枢性高热、脑脊液鼻漏等并发症，给患者造成极大痛苦。
因此临床上对于松果体区瘤的治疗，一般是以手术和放疗相结合的方式，术后放疗主要对于手术的残余病灶进行抗肿瘤治疗，并且术后还要定期复查垂体激素以及电解质的水平等情况。