男性衣原体体感染会出现尿路刺激症状。比如尿频、尿急、尿痛、尿不尽感等。有时还会有尿道分泌物的增多。有时还会发现阴茎有恶臭味，会出现水样或者白色的分泌物。
男性睾丸还可能因为衣原体的感染出现肿胀感以及疼痛感。除此之外，男性阴径头部会发红以及疼痛，这也是感染到衣原体的症状之一。
如果男性衣原体感染是因为肛交而引起的。那可能就会出现肛门直肠部位的烧灼感或者疼痛感。患者也有可能因为肛交而出现肛门损伤及肛门出血的问题。如果男性衣原体的感染是因为口交而引起的，就会出现咽喉部的不适感，喉咙疼痛。