治疗角膜炎主要是需要针对病原菌，选择合适的眼药水进行治疗。
临床上，角膜炎可大致分为细菌性、病毒性以及真菌性角膜炎，其中真菌性角膜炎的病程最长，且最容易导致角膜溃疡穿孔。因此，临床上对角膜炎的主张是早发现、早治疗，以保护患者的视力。
一般针对于细菌性角膜炎，常使用的药物包括由可乐必妥、普南扑灵等，在早期角膜还未出现明显溃疡时，可联合使用少量的激素眼药水。而真菌性的角膜炎，主要使用抗真菌的眼药水，联合全身抗真菌药物治疗，比如使用那他霉素、那他真等。而病毒性的角膜炎多使用抗病毒的药物，比如更昔洛韦、阿昔洛韦等。