很多甲状腺的疾病是需要利用甲状腺摄碘率来做辅助的诊断。其中会包括甲亢的诊断，通常甲亢的患者摄碘率24小时要大于正常的范围，摄碘率的高峰会出现在24小时之前。
2小时摄碘率比24小时摄碘率会大于80%，这样有助于甲亢的临床诊断。另外甲减的诊断也可以应用到摄碘率的测定，甲减患者摄碘率均低于正常，而且高峰会往后延，常在48小时才能够出现。
对于亚急性甲状腺炎也具有参考的价值，亚急性甲状腺炎摄碘率会低于正常。