肺脓肿药物治疗可能会出现不良反应。
肺脓肿病人，医生会根据感染的病原微生物不同，使用不同的药物。比如混合菌感染，要使用青霉素、克林霉素等。金葡菌感染，要使用苯唑西林钠、头孢菌素等。革兰阴性菌感染，要使用头孢菌素。阿米巴原虫感染，要使用甲硝唑。
这些药物都有可能产生不良反应。青霉素可能产生过敏性休克、肝肾损害、静脉炎。头孢菌素可能出现过敏、消化系统症状、肝肾损害、造血障碍、凝血障碍等。甲硝唑可能出现消化系统症状、神经精神症状，比如抽搐、过敏或者尿路感染等。