巧克力囊肿如果术后复发了，这是比较常见的现象，要根据病人的症状和体征，以及年龄，还有没有生育要求，才能够确定治疗的方法。
如果是囊肿比较小、有生育要求，需要尽快地进行备孕。如果是没有生育要求，可以应用短效口服避孕药进行治疗。也可以宫腔内放置左炔诺孕酮缓释系统，就可以明显地抑制巧克力囊肿的生长。另外也可以明显地减轻巧克力囊肿引起的痛经。
如果是囊肿比较大，或者囊肿出现破裂了，必须再次做手术治疗的。