肛管损伤可以引起肛门剧烈的疼痛、大便带血、肛周软组织感染等，损伤严重时还可引起大便失禁。
根据肛管损伤的程度不同，其临床症状也有明显的差异。当仅损伤皮层时，可以引起局部出血以及轻度疼痛等症状。如果损伤到肌层导致肛裂时，可以引起肛门剧烈的疼痛以及肛门狭窄等症状。
由于肛门部经常接触粪便，容易滋生细菌，因此肛管损伤后很容易引起皮肤感染。当损伤导致肛门周围软组织缺损较多时，可以引起暂时性的肛门不全失禁，患者会有排便控制不良等症状。如果损伤到肛门直肠环的功能，可以引起真性大便失禁。