小儿秋季腹泻的时候高烧40℃，应该迅速口服退热药物，比如布洛芬或者对乙酰氨基酚，然后去医院进行进一步的检查和治疗。
秋季腹泻的时候引起高热，除了病毒感染引起致热原对孩子体温中枢的影响造成，也有一部分可能因为腹泻的程度比较严重，脱水导致出现高热的情况。因此，小儿秋季腹泻伴随高热是比较严重的病情，需要去医院进行就诊。可能需要住院进行留观，进行静脉补充电解质等治疗。
小孩秋季腹泻虽然是自限性疾病，但是由于腹泻程度比较严重，加上主要是婴儿时期发病比较多见，所以孩子可以出现比较严重的情况。因此，高烧的时候应该口服退热药并去医院就诊。