沙眼衣原体感染有可能会导致不孕，还有可能使怀孕初期发生流产以及致畸形的情况。
沙眼衣原体感染后会导致输卵管发炎，子宫内膜受到沙眼衣原体感染后，会发生内膜发炎或长内膜息肉，以及粘连等，精子和卵子结合就有了障碍，就容易导致怀孕困难。也就是感染后会出现输卵管不通畅，或者是输卵管堵塞，可能会导致不孕。沙眼衣原体是一种病原微生物，会附在精子头部，并影响精子和卵子的结合，精卵要是不能够相结合，就不能够怀孕。
一旦出现沙眼衣原体感染的情况，一定要进行及时、有效的治疗，治疗后是可以怀孕的。所以得了沙眼衣原体感染性疾病，一定要到正规的医院进行规范的、系统的治疗。