结肠癌的确诊主要依靠组织病理学检查。
通过肠镜检查发现肿瘤并夹取肿瘤组织进行组织病理学检查，即可确诊。如果是结肠癌出现其他器官转移，如肝肺等器官转移，可通过肝脏或肺穿刺活检明确其性质及来源。
结肠癌确诊的另一方面是明确其临床分期，主要是彩超、超声内镜、增强CT、增强磁共振、PET-CT等影像学检查，判断其局部浸润及淋巴结和远处器官转移情况，从而确定其临床分期，指导后续治疗。