人乳头瘤病毒的危害，主要为两方面：
一方面是导致人体发生感染。人乳头瘤病毒感染人体后，可以导致患者发生尖锐湿疣，而且尖锐湿疣具有传染性，可以在夫妻或者性伙伴之间发生传染，有些患者可以发生寻常疣。
第二方面是可以诱发癌变。目前可以明确人乳头瘤病毒，可以诱发宫颈癌、子宫癌、肛门癌和阴茎癌。人乳头瘤病毒的35个亚型，可以导致女性生殖系统的感染，其中有20个亚型可以诱发癌变。导致寻常疣的人乳头状病毒，不会诱发癌变。