甲状腺功能减退症一般情况下是不会有什么后遗症的。因为甲状腺功能减退症本身，它就是一种没有办法彻底治愈的疾病，不管病情严重与否，患者都需要积极地配合医生，通过使用药物来进行治疗，能够控制病情的发展，缓解患者相应的症状。
但是如果患者甲状腺功能减退症情况比较严重，同时没有得到及时有效的治疗。这种情况下有可能会导致患者出现一些相应的并发症，比如患者可能会出现心包积液，同时患者还有可能会出现体内代谢紊乱，导致血脂升高、尿酸升高等症状。
所以建议患者一定要引起重视，积极配合医生进行治疗。