胎儿期肠道部分血流功能障碍，如肠扭转、肠套叠、粪便腹膜炎、粘连性肠绞窄等，导致肠道部分血流功能障碍，引起肠道坏死、吸收、修复等病理生理过程，形成肠道闭锁。
直肠闭锁通常通过手术治疗，术前应做好准备，如注意血容量补充、纠正水电解质失衡、胃肠减压、给予维生素K和抗生素以及支持治疗等措施，十二指肠闭锁或狭窄应进行十二指肠空肠侧对侧吻合术，胃空肠吻合术对于十二指肠第一段病变是可行的。
如果小肠闭锁或狭窄，应进行病变肠段的切除和端对端吻合，结肠闭锁或狭窄，病变肠段切除后一期吻合，如果患者是儿童，且全身状况不好，患病肠段可先放在腹部外进行二次吻合。