肛门疼痛提示患者可能存在局部组织损伤或者感染性病变，建议患者去肛肠科就诊，确诊肛门疼痛的原因再进行治疗。出现肛门疼痛，首先考虑肛裂病变，和大便干燥存在关系，排便时粪便撕裂伤口导致肛门疼痛。对于这种情况，要结合伤口新鲜程度，采取保守治疗或者手术治疗。
其次，考虑患者是否存在感染性病变，例如肛窦炎、肛周脓肿、肛瘘等，都可能导致患者出现肛门疼痛症状。需要采取抗生素药物抗炎治疗，同时可能需要手术将肛瘘瘘管切除。对于脓肿病变，需要进行切开引流从而减轻肛门疼痛的症状。
另外，对于疼痛特别严重的患者，可以同时口服非甾体抗炎药，有较好的镇痛效果，从而帮助患者改善临床症状。