卵巢囊肿手术有危险，但是任何手术都有一定风险。
对于卵巢囊肿手术，比较常用的是腹腔镜微创手术，在腹腔镜下进行卵巢囊肿的剥除或卵巢囊肿的切除。现在少用开腹手术，因为开腹手术相对创伤比较大、恢复比较慢，而且手术疤痕不美观。腹腔镜下进行卵巢囊肿剥除可以更详细、更清楚的看清解剖结构，术中出血少、患者恢复的快，刀口只有1公分到1.5公分左右。
在手术之前手术医生会对患者进行详细的检查，排除手术禁忌症之后再进行手术。充分的与患者沟通，详细的交代手术可能出现的情况和意外，手术的风险会相对减低，通常手术都能很顺利的进行。