对于囊尾蚴病可以采用药物治疗或手术治疗。
其中药物治疗有吡喹酮，该药物可以使囊虫的表皮破损，让囊虫死亡随着粪便排出体外，阿苯达唑也可以用于治疗囊尾蚴病，可以将肠道内的病原虫卵杀死并随排泄物排出体外。如果患者病情比较严重已经影响到大脑或是眼睛，可以进行手术治疗，可以将眼内的囊肿摘除掉，避免引起患者失明。
囊尾幼虫病要早发现、早治疗，效果会很好，如果症状比较复杂，治疗不及时，预后的效果也会不好。平时要注意提高防护能力，注意病从口入，要对进口的食材和食物做好卫生处理。