归脾丸的副作用并不多，因其属于中成药制剂，相对副作用较少，有少数患者在服用药物后可引起消化道不适，也有部分患者可出现皮疹等不良反应。
归脾丸中的药物成分有人参、黄芪等补气药，如果未对症使用，容易使患者出现上火、便秘、口干、面红等不良症状。
还有，归脾丸主要适用于心脾两虚、气血亏虚之症，而对于脾胃湿热或者湿寒症状的患者，并不宜使用归脾丸治疗，否则有可能会使不良症状加重。
患者在服用归脾丸时，还需要在饮食上注意，不能吃一些寒凉类的食物。