睡起来头疼发热，可能是脑供血不足、感冒、颅内疾病引起。
脑供血不足，更容易发生于60岁以上的老年人身上。老年人在睡眠的过程中身体的血流量减少，比如脑中血液不能正常流通，会导致多种多样的症状。如身体乏力、头晕、头痛、记忆力减退、恶心呕吐等表现。
睡眠的环境温度比较低，比如在风扇或空调底下睡觉，凉气入侵，可能引起感冒，导致睡觉起来后头疼、体温升高。
有基础性疾病，比如高血压的患者，睡觉的时候交感神经紊乱、心脏兴奋导致血压升高。血压升高引起脑血管灌注压过高，也会导致头疼。高血压的患者发生了脑出血，会引起中枢性发热，导致体温升高。