性激素六项用来检查卵巢基础状态下的值，一般在月经的第二、三天检查，从而可以判断是否存在卵巢功能衰退等。对于了解卵巢黄体功能情况，需要在月经的后半周期检查。而对于了解是否有排卵，需要在月经的中期进行检查。
对于月经不规则的女性，可以随时行性激素水平的测定，根据激素水平的值来判断月经的周期。因此对于女性出现月经不调，可以通过检查性激素水平，了解是哪种性激素水平异常引起。
因此，女性性激素六项的检查在月经周期的不同时间检查有不同的意义，甚至有时在一个月经周期中需要多次检查。对其中泌乳素或睾酮检查无明显异常的时候，下次检查就不需要都常规行六项检查，一般医生会根据情况选择需要测定的激素来检查，不是每次都要行六项检查。