汉坦病毒的传染源主要是啮齿类动物，比如老鼠，几乎所有种类的老鼠都含有汉坦病毒，其他的动物包括猫、猪、狗、兔和蝙蝠也含有汉坦病毒，在我国主要以黑线姬鼠和褐家鼠为主。
汉坦病毒的传播途径有呼吸道传播老鼠、携带病毒的排泄物，如尿液、粪便、唾液等污染尘埃后形成气溶胶，能够通过呼吸道传染。
消化道传播禁食被鼠类携带病毒的排泄物所污染的食物，可经口腔或胃肠道黏膜进行传染，接触传播是被老鼠咬伤或者是伤口接触带病毒的鼠类排泄物，这种情况可以导致出现感染的情况。除此以外还可以通过母婴传播，在生产的时候，将这种汉坦病毒传播给孩子。