有些生殖道发生异常会导致巧克力囊肿，比如处女膜闭锁、阴道闭锁，会导致月经血排出受阻，积聚于阴道内和子宫内，长期的经血积聚，会使经血通过输卵管逆流至腹腔，从而导致子宫内膜异位症，经血流入卵巢，就会形成卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿会引起腹痛，痛经，还会引起卵巢功能异常。所以，生殖道异常一旦明确了诊断，要尽早手术治疗，解除阴道阻塞，使经血引流通畅，防止经血逆流，减少子宫内膜异位症，尤其是卵巢巧克力囊肿的发生。
要预防卵巢巧克力囊肿，还要注意经期卫生，经期不要同房、也不要剧烈运动。