ICU中常用的微生物检测样本包括血液、尿液、大便、痰液、肺泡灌洗液、胸腔积液、心包积液、腹腔积液、脑脊液、伤口分泌物、咽拭子等，不同的检测样本留取时有不同的要求。
为了提高血培养的阳性率，尽可能在应用抗菌药物前留取血培养，尽可能在患者寒战、发热时采血。要在两个不同的部位采血进行血培养，每次采血量要在10ml左右，多次采血可以提高血培养的阳性率。尿培养要留取清洁的中段尿，尿液最好在膀胱内停留6小时以上，而大便培养尽可能留取带黏液、脓血的部分进行培养。
如果是患者自主咳嗽，痰液容易受上呼吸道定植菌的污染，所以在留取痰液前，要用温开水进行漱口3次，漱口后要尽可能从肺深部咳嗽出来的痰液送检。最后一点要注意，所有的检测样本在留取后要立即送检，能够提高检测的阳性率。