习惯性流产的病因多种多样，比如胚胎染色体异常。这样的胚胎多数会发生流产，极少数有可能继续发育形成胎儿。但是出生以后这些婴儿也会发生某些功能方面的异常，或者是合并有身体方面的畸形。
孕妇本身黄体功能不全、患有甲状腺功能低下、先天性子宫畸形、子宫发育异常、子宫肌瘤、宫颈黏连、染色体异常、自身免疫因素等，都有可能导致习惯性流产。
或者是生活的环境中接触到苯、甲醛等化学物质，或者是放射性物质，也是习惯性流产的原因。所以，如果患者发生习惯性流产，建议最好先去医院查明一下具体的病因，把病因解除以后再考虑怀孕。