肛门刺痛有肉球首先需要明确诊断，根据诊断的疾病进行药物上的选择。
如果是发生了血栓性外痔，可以使用稀释高锰酸钾溶液进行泡洗。同时可以涂抹麝香痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏，并且配合化痔栓进行对症治疗，还可以口服羟苯磺酸钙。
如果肛门刺痛有肉球是发生了肛裂的情况，陈旧性的肛裂伴随了哨兵性的外痔，可以使用复方荆芥熏洗剂进行坐浴，配合硝酸甘油软膏进行对症治疗。
如果是发生了肛门周围脓肿，或者是肛瘘外口反复溃破形成了肉芽肿的，可以涂抹红霉素软膏等抗生素药物，彻底治疗一般需要手术治疗。