引起深覆合的原因主要有两方面，一是遗传因素，二是环境因。遗传因素可能引起上颌发育过度、下颌发育不足，或者牙齿的大小形态异常，导致的深覆合。
环境因素包括先天因素和后天因素。先天因素可能是由于牙齿在胚胎发育阶段异常，引起的深覆合；后天因素可能是由于在生长发育阶段，一些疾病引起的颌骨发育不良，或者不良习惯，如咬下唇等引起深覆合。
还有一些局部障碍导致，牙齿错位异常引起深覆合，需要结合深覆合情况加以分析。