月经过后小肚子疼，原因包括以下几种：
1.女性妇科疾病引起的小腹痛。这是最常见的引起月经后小腹疼痛的原因，可能是平时不注意会阴卫生、性行为活跃、经期使用被病菌污染的卫生巾等，都可能会导致妇科疾病发生，而在月经过后出现小肚子疼痛，以及白带异常等。
2.泌尿系统疾病引起的小肚子疼。女性经期如果没有及时清洗外阴，经血长期残留会引起病菌滋生，就可能会导致泌尿系统感染发生，引起小腹疼痛，以及尿频、尿痛、尿急等，可以通过化验尿常规进行明确。
3.肠道感染、溃疡性结肠炎等消化系统因素，也会使女性月经过后出现小肚子疼。但是和月经没有直接关系，需要化验便常规等予以明确，然后进行治疗。