卵巢囊肿引起的疼痛要进行止痛，需要根据具体的病因而定。由于卵巢囊肿有不同的性质，引起腹痛的原因也有所不同，所以需要进一步地查找原因。
引起卵巢囊肿疼痛的原因。一方面，可能是由于卵巢的炎性囊肿。由于炎性的渗出物和盆腔的炎症会引起腹痛，有时伴有发烧的症状。这样的情况下需要给予抗生素来进行抗炎治疗，一般抗炎治疗的持续时间是两周，可以给予口服或者是静脉的抗生素来治疗。
而对于卵巢的子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿有时需要进行手术治疗，尤其是当卵巢巧克力囊肿增长到5㎝以上或者发生破裂的情况下引起的腹痛，是需要进行手术治疗的。而如果是由于卵巢小部分的囊肿破裂，只是对于腹膜有轻微的刺激，没有严重的疼痛。也可以进行保守治疗，但是要密切地观察随访。