半夜睾丸疼，如果是年轻人，常见于睾丸扭转。尤其是在晚上睡觉时，身体处于完全放松的状态下，如果突然翻身不小心导致睾丸受到挤压和牵拉，就会引起睾丸疼痛。
也可能为急性附睾炎或睾丸炎所引起。当上述疾病急性发作时，病人可出现剧烈的睾丸疼痛症状，尤其是触摸时会使疼痛症状进一步加重。还可伴有排尿疼痛以及睾丸部位红肿、热痛等症状，可在半夜睡觉时出现急性发作。
另外，还可能为精索静脉曲张所致。多考虑可能是由于睡觉时突然翻身，对曲张的精索静脉造成牵扯而引起的睾丸疼痛。