脐尿管手术后的后遗症主要可表现在以下几方面：
第一，术后出血：是因为术中止血不彻底所导致。
第二，术后感染：术后可能会出现切口感染，尤其是术前已经存在了囊肿合并感染的患者。
第三，术后出现尿瘘：是因为术中对于膀胱的缝合不彻底，从而出现术后膀胱内尿液外漏。
第四，胃肠道症状：如果脐尿管囊肿合并感染，并且术前感染已经侵袭到腹腔，术后有可能会出现炎症导致肠粘连，甚至会有可能出现肠梗阻一系列的并发症。
第五，切口疝：切口疝是因为手术缝合欠佳所导致。