饭后胃肠不舒服需要明确原因后针对性治疗。饭后胃肠不舒服一般考虑是慢性胃炎、胃溃疡导致，也有可能存在幽门螺旋杆菌感染。
如果是单纯的慢性胃炎或胃溃疡，主要口服保护胃黏膜药物、抑酸药物和促胃动力药物治疗。例如枸橼酸铋钾、奥美拉唑、莫沙必利等，能够减少胃酸的分泌，促进胃肠道蠕动，改善胃肠不舒服症状。
如果存在幽门螺旋杆菌感染，一般使用四联药物治疗。例如一种质子泵抑制剂加上两种抗生素和铋剂，正规、足疗程的应用。治疗后进行复查，可以有效缓解胃肠道的症状。