肛门里面隐隐疼痛首先是考虑有直肠黏膜下脓肿的情况，也就是肛管直肠黏膜下的组织受到细菌的感染，发生了坏死、液化，有脓液的形成，可以表现为肛里面的隐隐疼痛。
另外就是要排除是不是由于肠道内一些增生性疾病所引起，比如存在肠道内的息肉，甚至是肠道内的肿瘤。由于黏膜组织以及神经组织受到破坏，可以产生隐隐的疼痛。
另外，痔疮当中的内痔，如果黏膜组织下的毛细血管有发生破裂，形成了血栓，也可以产生肛门里面的隐隐疼痛。另外就是排除一些炎症性疾病的存在，比如有直肠炎或者是肛窦发炎的情况。所以肛门里面隐隐的疼痛，建议患者尽早到肛肠科进行检查，及时地进行对因对症的治疗。