儿童口腔溃疡用的药物，需要明确引发儿童口腔溃疡的具体病因，对因治疗才能有效。
如果是口腔白色念珠菌感染导致的鹅口疮，需要用抗真菌药物，一般局部可以用2%~4%的小苏打溶液含漱，或者涂抹在溃疡处，保持局部的弱碱性，以抑制真菌的繁殖。
如果儿童口腔溃疡是疱疹性病毒感染导致，需要针对病因进行抗病毒的治疗，局部可以喷洒开喉剑，严重时可以在医生的指导下应用抗病毒药物治疗。
如果儿童口腔溃疡只是单纯的创伤性溃疡，比如咬伤或咬玩具硌伤，可以在医生的指导下应用预防感染的抗生素，以及局部使用促进溃疡愈合的药水含漱，比如康复新液。